在使用 docker-compose 部署时，处理多层次包下的配置文件路径问题可以采用以下几种方法：
1.使用相对路径：在配置文件中使用相对路径，相对路径的起点是当前配置文件所在的目录，可以通过 ../ 或者 ./ 的方式向上或向下访问目录结构。
2.使用绝对路径：在配置文件中使用绝对路径，绝对路径从根目录开始，指定准确的文件路径。
3.通过环境变量注入配置文件路径：在 docker-compose.yml 中定义一个环境变量，将配置文件路径注入到容器中，容器内部可以通过该环境变量获取到配置文件的路径。
4.使用 Docker config：Docker 1.13 版本以上提供了 Docker config 功能，可以将配置文件作为配置数据挂载到容器中，通过启动参数传递配置文件路径，容器中可以直接读取配置数据。
综上所述，以上几种方法都可以解决多层次包下的配置文件路径问题，具体使用哪种方法，可以根据实际情况和个人喜好进行选择。